Η αρχιτεκτονική συναγωγή Ben Ezra δεν διαφέρει από την τυπική αρχιτεκτονική τους κόπτες τις εκκλησίες. Αυτό συνέβη επειδή το κτίριο αρχικά ήταν εκκλησία, αλλά στο τέλος της X. χαλίφη Χακίμ έκλεισε εκκλησία. Στα νεότερα χρόνια το κτίριο έχει αγοράσει η εβραϊκή κοινότητα, η οποία ενώ ήταν ένα σημαντικό μέρος της αιγυπτιακής κοινωνίας. Συναγωγή ονομάστηκε από το όνομα του ραβίνου της Ιερουσαλήμ Абрахама ben Ezra.

Έγινε συναγωγή γεγονός ότι στο ΧΙΧ αιώνα, κατά τη διάρκεια της επισκευής, εδώ ανακαλύφθηκε ένας θησαυρός με χιλιάδες έγγραφα XI-XII αιώνα.
Πρόσφατα συναγωγή отреставрировали.