Ορθόδοξος ναός του Αγίου Νικολάου Θαυματουργού ιδρύθηκε στη Λυών εκπροσώπους της ρωσικής κοινότητας, που μετανάστευσαν από τη Γαλλία μετά την επανάσταση του 1917.

Ο πρώτος ναός ιδρύθηκε το 1928, βρισκόταν σε ένα ξύλινο κτήριο στην οδό Τύμπανο. Ονομάστηκε προς τιμήν του διάσημου αγίου, καθώς και ως ανάμνηση расстрелянном μαζί με την οικογένειά του τον αυτοκράτορα Николае Δεύτερο. Ο πρώτος ηγούμενος του ναού ήταν ο πατέρας του Βίκτορ (Πούσκιν), πρώην padre.

Το 1937 ο ναός, πιθανότατα οφείλεται σε εμπρησμό, κάηκε εντελώς. Η ανάκαμψη ξεκίνησε μόλις δύο χρόνια αργότερα – για την κατασκευή του πέτρινου κτιρίου επιλέξει μια νέα θέση στην οδό Σεντ-Ζενεβιέβ. Ο ναός δημιουργήθηκε από τον απόδημο Σεργκέι Баздерева. Η ανέγερση του ναού υπήρξε δυνάμεις τον ηγούμενο και τους ενορίτες για συλλέγονται από δωρεές, το έργο έγινε τα βράδια και τα σαββατοκύριακα, έτσι ώστε η κατασκευή продвигалось πολύ αργά. Ακόμη και κατά τη διάρκεια του β ' παγκοσμίου πολέμου, παρά τους βομβαρδισμούς και την έλλειψη μέσων, το έργο συνεχίστηκε. Και εσωτερική διακόσμηση του ναού συνεχίστηκε ακόμα και στη μεταπολεμική εποχή. Ο αγιασμός του ναού πραγματοποιήθηκε το μάιο του 1946.

Στη δεκαετία του 1970 στο ναό μετά την κατάρρευση οροφής έγινε επισκευή. Προς το τέλος του περασμένου αιώνα, γύρω από το ναό αυξήθηκαν κατοικημένες γειτονιές, και όταν δίπλα του είχε ανοίξει ο σταθμός του μετρό, ο αριθμός των μελών αυξήθηκε. Μια από τις εικόνες του ναού είναι αφιερωμένο στον άγιο Иринею Лионскому – επίσκοπο της Λυών, που μαρτύρησε για την πίστη τους στον 202 έτος.

Ο ναός του Αγίου Νικολάου Θαυματουργού σε Λυών δεν διαφέρει πλούσια διακόσμηση και πρωτότυπη αρχιτεκτονική του, αλλά τον αποκαλούν το μνημείο του πρώτου κύματος της μετανάστευσης και σύμβολο της αγάπης στην ορθόδοξη πίστη.

Σε Λυών υπάρχουν και άλλοι ρώσοι ορθόδοξοι ναοί – για παράδειγμα, η εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Ρώσου.