Μουσουλμανικό τζαμί Καρά Μουσά Πασά βρίσκεται στη διασταύρωση των οδών Аркадиу (ένας από τους κύριους εμπορικούς δρόμους της πόλης) και του βίκτωρος Ουγκώ σε κοντινή απόσταση από την πλατεία Ηρώων. Όπως και οι περισσότεροι οθωμανικών κτιρίων στο νησί, η κατασκευή πριν ήταν ενετική κατασκευή.

Κατά την περίοδο της ενετοκρατίας, στο κτίριο βρισκόταν ο καθεδρικός ναός της Αγίας Βαρβάρας. Εντυπωσιακές προσόψεις της Αναγέννησης με διακοσμητικά ανοιχτό πόρτες και μπαλκόνια που αναφέρονται σε αυτό το χρόνο.

Το τζαμί πήρε το όνομά του προς τιμήν του το διάσημο οθωμανό ναύαρχο και το δημόσιο πρόσωπο της Κάρα Μούσα Πασά, командовавшего ναυτικό στόλο, το 1646 το έτος το οποίο κέρδισε η πόλη του Ρεθύμνου. Μετά την ίδρυση της τουρκικής κυριαρχίας, η αρχιτεκτονική της πόλης έχει αλλάξει, обогатившись επιβλητικό μουσουλμανικό γεύση.

Переделав ναός της Αγίας Βαρβάρας στο τζαμί, οι τούρκοι προσθέσει τρούλο και μιναρέ. Κοντά στην είσοδο στο έδαφος τζαμί βρίσκεται το σιντριβάνι, στο οποίο οι πιστοί μπορούσαν να κάνουν πλύση πριν από την επίσκεψη της ιεράς μονής. Ετοιμόρροπο μιναρές βρίσκεται στη δυτική πλευρά του κτιρίου. Στην αυλή βρίσκεται θολωτός τάφος, που είναι πιθανό να θάφτηκε ο ιδρυτής του τζαμιού. Επίσης στην αυλή σώζονται πολλαπλάσια μουσουλμανικές επιτύμβιες στήλες.

Υπέροχο αρχιτεκτονικό μνημείο σε γενικές γραμμές είναι πολύ καλά διατηρημένο, μέχρι την εποχή μας. Σήμερα μουσουλμανικό τζαμί Καρά Μουσά Πασά είναι κλειστό για τους επισκέπτες. Στο κτίριο στεγάζεται Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων, και γίνονται εργασίες αποκατάστασης. Να θαυμάσετε το όμορφο αρχαία κατασκευή, στην οποία αναμειγνύονται μεγάλη ενετική και τουρκική αρχιτεκτονική, μπορεί μέχρι μέσα εξωτερικές κλειδωμένες πόρτες.