Η πρώτη πέτρα ναό της Παναγίας της Νίκης έβαλε ο Μέγας Διδάσκαλος του τάγματος иоаннитов Jean Паризо de La Valette στην τιμή νίκης των ιπποτών της μάλτας στη Μεγάλη πολιορκία 1565 έτους. Κάτω από την πέτρα, στη συνέχεια να βάλετε ειδικά κόπηκαν προς τιμήν της εκδήλωσης αυτής ασημένια και χάλκινα μετάλλια και φύλλο περγαμηνής με το κείμενο που σχεδιάστηκε για τις επόμενες γενιές, στο οποίο έχει οριστεί η ημερομηνία – 8 μαρτίου 1566 του έτους. Στο XVIII αιώνα, η εκκλησία ήταν ξαναχτίστηκε σε μπαρόκ στιλ, και το 1753 σε αυτό ξέχνα τον καμπαναριό.