Ένα άλλο αξιοθέατο της Κόρδοβα εκκλησία του Σαν Φρανσίσκο, η οποία αναφέρεται στον αριθμό των λεγόμενων "фердинандовских" εκκλησίες, έλαβε αυτό το όνομα από ό, τι ήταν μερικές από τις πρώτες χριστιανικές εκκλησίες που χτίστηκαν στην Κόρδοβα μετά από την ανακαταλάβει την από τους μαυριτανούς βασιλιάς από ferdinand ΙΙΙ. Κάποτε η εκκλησία ήταν μέρος του κτισμένου σε 13 αιώνα της μονής του San Pedro el Real. Το μοναστήρι, το οποίο ανήκε францисканским θρησκευτικές κοινότητες, ήταν αρκετά μεγάλο για εκείνη την εποχή και είχε μεγάλη επίδραση στη θρησκευτική ζωή της πόλης. Είναι γνωστό ότι τον 17ο αιώνα ζούσαν εκατό μοναχούς, και τη μεγαλύτερη της ακμή και την επιρροή έφθασε στο 18ο αιώνα. Αλλά στις αρχές του 19ου αιώνα κατά τη διάρκεια της εμφάνισης των ναπολεόντειων στρατευμάτων μοναστήρι καταστράφηκε, η εκκλησία του San Francisco και ως εκ θαύματος επέζησε.

Αρχικά δημιουργήθηκε σε γοτθικό στυλ, σήμερα το κτίριο της εκκλησίας του Σαν Φρανσίσκο μόνο εν μέρει θυμίζει την αρχική δομή. Κατά τη διάρκεια του 18ου αιώνα το κτίριο αρκετές φορές реставрировалось και σε προσόψεις υπάρχουν πολλά στοιχεία μπαρόκ, ουσιαστικά άλλαξε μεσαιωνική όψη του ναού.

Μέχρι σήμερα η εκκλησία του Σαν Φρανσίσκο δεν είναι μόνο ένα από τα πιο αρχαία, αλλά και μία από τις πλουσιότερες εκκλησίες της Κόρδοβα. Εδώ αποθηκεύεται το πλήθος των πολιτιστικών αξιών, των συσσωρευμένων τις μεσαιωνική περίοδο. Εδώ βρίσκεται επίσης μια ενδιαφέρουσα συλλογή από φωτογραφίες кордовских καλλιτέχνες του 18ου αιώνα. Ιδιαίτερη προσοχή αξίζει και μια υπέροχη παλιά έπιπλα, που βρίσκεται στο χώρο του ναού.