Η κατασκευή του νέου κτιρίου της μονής της Σάντα Κλάρα και σε της κοΐμπρα ξεκίνησε το 1649 έτος. Το παλιό μοναστήρι, που χτίστηκε στο τέλος του XIII αιώνα, καταστράφηκε, και αποφάσισε να χτίσει ένα νέο κτίριο για τις μοναχές του τάγματος της Αγίας Κλάρας.

Το έργο της μονής έχει αναπτύξει benedictine μοναχός και το βασιλικό αρχιτέκτονα João Турриано, κατασκευή διεθυντής το βασιλικό αρχιτέκτονα Mateusz τηλεχειριστήριο Коуто. Η κατασκευή του νέου κτιρίου κράτησε αρκετό καιρό. Το 1677 στο νέο κτίριο του μοναστηριού, το οποίο έγινε γνωστό μοναστήρι της Santa Clara-a-Nova, εισήλθαν οι μοναχές. Το 1696 πραγματοποιήθηκε ο αγιασμός του ναού.

Η κύρια πύλη μοναστήρι της εκκλησίας κοσμεί το βασιλικό έμβλημα, το οποίο υποστηρίζεται από δύο αγγέλους. Το εσωτερικό του ναού είναι κατασκευασμένο σε στυλ μπαρόκ. Η εκκλησία έχει ένα κλίτος, το εγκάρσιο κλίτος λείπει. Πλαϊνές σιξτίνα και την ανώτερη σιξτίνα κοσμούν 14 запрестольных εικόνες XVII αιώνα σε στυλ "талья daurada" - η εικόνα πλαισιώνεται από σκαλιστά και золоченого ξύλο. Επιπλέον, στο νέο μοναστήρι μεταφέρθηκε τάφο με τις στάχτες της βασίλισσας της ισαβέλλας της Πορτογαλίας, основательницы της μονής. Μετά το θάνατο του συζύγου της, βασιλιά Диниша, η βασίλισσα ήταν σε коимбрском μοναστήρι της Σάντα Κλάρα και μέχρι το θάνατό του, και θάφτηκε εκεί. Ως εκ τούτου, στους ντόπιους αυτό το μοναστήρι ονομάζεται μοναστήρι βασίλισσα Ισαβέλλα. Ο τάφος με τις στάχτες, φιαγμένο από ασήμι και κρύσταλλο, βρίσκεται κοντά σε κεντρικό βωμό της εκκλησίας. Μπροστά από την εκκλησία υπάρχει μνημείο βασίλισσα Ισαβέλλα, επί γλύπτης Αντόνιο Тексейра Лопеш στο ΧΙΧ αιώνα.

Στο 1733 έτος στο μοναστήρι χτίστηκαν άνδηρα στο στυλ της αναγέννησης. Την κατασκευή αυτών των γκαλερί διεθυντής ούγγρος αρχιτέκτονας Carlos Мардел.