Η εκκλησία της Αγίας Σοφίας χτίστηκε στα μέσα του VII αιώνα πάνω στα ερείπια τρεις φορές μεγαλύτερο της κατά μήκος της παλαιοχριστιανικής βασιλικής, και στη βυζαντινή περίοδο της περικυκλωμένος από πολλά κτίρια όπως το cult, όσο και του διοικητικού προορισμού. Με το 1585 χρόνια η εκκλησία έγινε τζαμί, αλλά ήταν και πάλι αφιερωμένη η εκκλησία του 1912.

Ιστορικά και αρχαιολογικά στοιχεία δείχνουν ότι στο κεντρικό κλίτος και στο νότιο τμήμα της κιονοστοιχίας του ναού της Αγίας Σοφίας θάφτηκαν митрополиты Θεσσαλονίκης, για παράδειγμα, Григорьос Куталис και ο Κωνσταντίνος Месопотамитис.

Το εσωτερικό του ναού κοσμούν πολλά ψηφιδωτά και τοιχογραφίες IX-X αιώνες. Τοιχογραφία "η Αρπαγή" διακοσμεί το θόλο της εκκλησίας.