Загребский πανεπιστήμιο είναι η πιο παλιά, όχι μόνο στο έδαφος της Κροατίας, αλλά και στην Νοτιοανατολική Ευρώπη. Η ημερομηνία της επίσημης ίδρυσης θεωρείται 23 σεπτεμβρίου του 1669, όταν ο ρωμαίος αυτοκράτορας και ουγγρικής και της ουγγαρίας-κροατίας, ο βασιλιάς Leopold I εξέδωσε νόμο, αναγνωρίζοντας τα προνόμια και το καθεστώς του πανεπιστημιακού εκπαιδευτικού ιδρύματος πρώην ιησουίτη academy, που λειτουργεί στην επικράτεια της ελεύθερης βασιλικής πόλης του Ζάγκρεμπ, της πρώην πρωτεύουσα του Βασιλείου της Κροατίας και Σλαβονία. Η ημερομηνία αυτή είναι η αρχή της ιστορίας Загребского του πανεπιστημίου του αγώνα για την βραδύτητα της εφαρμογής λαμβάνονται δίκιο και να πάρει μια αξιοπρεπή θέση ανάμεσα σε αξιόπιστες και αντιπροσωπευτικές πανεπιστήμια και ακαδημίες στην Κεντρική Ευρώπη.

Η ιστορία Загребского το πανεπιστήμιο στη σημερινή του μορφή ξεκινά με πρωτοβουλία джяковского του επισκόπου και σημαντικό κροατίας мецената Йосипа Юрая Штроссмайера, όταν το 1861, πρότεινε να οργανώσει στο πανεπιστήμιο τέσσερις σχολές: ιατρική, θεολογική, η φιλοσοφική και η νομική. Αυτή η προσφορά θεωρήθηκε για πολλά χρόνια, και το 1874, κροατικό κοινοβούλιο ενέκρινε την πρωτοβουλία αυτή και εξέδωσε διάταγμα "Για το πανεπιστήμιο". Την ίδια χρονιά το πανεπιστήμιο άλλαξε όνομα και έγινε γνωστό Σύγχρονο πανεπιστήμιο του Ζάγκρεμπ.

Με της δεκαετίας του 1990, το πανεπιστήμιο έχει ληφθεί μεγάλη αυτονομία, την ίδια ώρα ξεκίνησε συμμετοχή σε Болонскому διαδικασία.