Αρχικά η εκκλησία της Σάντα Μαρία δημιουργήθηκε ως ενοριακή - αμέσως μετά την ίδρυση του Τρουχίγιο (1535-1540). Το 1616 η εκκλησία ανεγέρθηκε στο βαθμό ναό του Πάπα Παύλου V, αλλά μετά από τρία χρόνια ήταν γκρεμίστηκε μαζί με όλη την πόλη από σεισμό τον φεβρουάριο του έτους 1619. Ανακαίνιση της εκκλησίας έδωσαν Ο βαρθολομαίος ντε λας Куэвасу. Αλλά και το κτίριο της εκκλησίας δεν επέζησε καταστροφικό σεισμό τον φεβρουάριο του 1635. Στο 1647 епископат πολύ πιο σοβαρά για την κατασκευή του κτιρίου εκκλησία σχεδιάστηκε από τον αρχιτέκτονα Francisco de Soto Ρίος, που τελείωσε το 1666 έτος Φρανκισκο Μπαλμπόα. Αυτή τη φορά οι αρχιτέκτονες προσπάθησαν να παρέχουν όλα τα απαραίτητα μέτρα για τη βιωσιμότητα του κτιρίου, για να αντέξει τις μελλοντικές σεισμό στην перуанском ακτή.

Το 1967, ο Πάπας Παύλος VI ύψωσε το καθεστώς της εκκλησίας μέχρι τον Καθεδρικό ναό, αλλά στη δεκαετία του 1970, λόγω του σεισμού, το μέρος του ναού ήταν σοβαρά κατεστραμμένο: θόλος, το καμπαναριό και το βωμό. Μετά από δύο δεκαετίες το κτίριο, τον καθεδρικό ναό πλήρως αποκατασταθεί.

Καθεδρικός ναός της Σάντα Μαρία φημίζεται για το βωμό - το τεράστιο μέγεθος βωμό λευκό χρώμα σε στυλ μπαρόκ και ροκοκό καλυμμένο με φύλλα χρυσού, διακοσμημένα με πολύτιμες εικόνες και τα εικονίδια, γίνεται με τους δασκάλους καλλιτεχνικών σχολείων Κούσκο και Κίτο. Η ομορφιά και η μοναδικότητα μπορεί να συγκριθεί μόνο με το βωμό στον Καθεδρικό ναό του Κούσκο.

Οι επισκέπτες ναό Trujillo μπορεί να δείτε μια μεγάλη συλλογή από vintage εικόνες, που κοσμεί τον: εικόνες του αγίου Δρόσου, του αγίου Τερέζα Авильской, του αγίου Πέτρου, του αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή, του αγίου Торибио de Могровехо, του αγίου Βαλεντίνου. Αψίδα και οι τοίχοι του ναού είναι διακοσμημένοι με τοιχογραφίες με την εικόνα των αποστόλων, παράθυρα - βιτρό.

Καθεδρικό μουσείο, που βρίσκεται στο εσωτερικό του ναού, αποθηκεύει τα πολύτιμα θρησκευτικά έργα τέχνης. Ιδιαίτερα πολύτιμη ζωγραφική και γλυπτική σχολής του Κούσκο και αντικείμενα της αποικιακής περιόδου, μεταξύ των οποίων δύο καμβάδες: "η Άρνηση του Πέτρου" και "Ιωάννης ο Βαπτιστής".

Δίπλα στον Καθεδρικό ναό βρίσκεται το Παλάτι του αρχιεπισκόπου.