Στα βόρεια από τον Καθεδρικό ναό του Αγίου Μηνά, βρίσκεται η περιοχή της Αγίας Αικατερίνης, που έχει το όνομά του από την ομώνυμη εκκλησία που βρίσκεται εδώ. Η περιοχή είναι υπέροχη όαση στο κέντρο της πόλης με τα όμορφα καφέ και τα παιδικά παιδότοποι. Επαγγελματική κάρτα πλατεία είναι χιλιάδες περιστέρια, τα οποία με ευχαρίστηση τρέφουν οι κάτοικοι και οι επισκέπτες της πόλης. Περιβάλλεται από σύγχρονα κτίρια, εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης φαίνεται να είναι έξω από το χρόνο. Από το 1967 στο κτίριο στεγάζεται το Μουσείο θρησκευτικής τέχνης.

Η εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης χτίστηκε το 1555 και ανήκε στο μοναστήρι της Αγίας Αικατερίνης στο Σινά όρος. Ενετική αρχιτεκτονική έχει μεγάλο αντίκτυπο στην εμφάνιση του ναού. Με 15 έως 17-ου αιώνα ο ναός ήταν το κέντρο της πνευματικής και καλλιτεχνικής δραστηριότητας. Οι μοναχές της μονής οργάνωσαν στην εκκλησία την ορθόδοξη σχολείο, στο οποίο μελετούν τους αρχαίους έλληνες συγγραφείς, φιλοσοφία, θεολογία, ρητορική και την τέχνη. Σε αυτό το σχολείο έχει λάβει εκπαίδευση και το περίφημο El Greco.

Μετά το 1669 Ηράκλειο καταλήφθηκε από τους τούρκους, η εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης έχει μετατραπεί σε μουσουλμανικό τζαμί, που βρισκόταν εδώ μέχρι και 20 αιώνα, όταν η Κρήτη απέκτησε την ανεξαρτησία της.

Τα εκθέματα εκτίθενται στο μουσείο, που αντιπροσωπεύουν την ιστορία της ελληνικής ορθοδοξίας από τον 14ο έως τον 19ο αιώνα. Εδώ μπορείτε να δείτε μια εξαιρετική συλλογή εικόνων, χειρόγραφα, τοιχογραφίες, алтарную έπιπλα, βιβλία, εκκλησιαστική ρούχο, εκκλησιαστική σκεύη και πολλά άλλα. Στο μουσείο φυλάσσονται έξι μοναδικά έργα του Μιχαήλ Δαμασκηνού, που είναι ένας από τους καλύτερους εκπροσώπους της κρητικής εικονογραφική σχολείο. Ανάμεσά τους και η περίφημη εικόνα της "η Λατρεία των μάγων".