Το αρχαιολογικό μουσείο της πόλης του Αγίου Νικολάου βρίσκεται βόρεια από τη λίμνη Βουλισμένη από την οδό Παλαιολόγου, 74, σε απόσταση λίγων λεπτών με τα πόδια από το κέντρο της πόλης. Το μουσείο ιδρύθηκε το 1970 και προσφέρει μια πλούσια συλλογή από αρχαιολογικά ευρήματα του νομού Λασιθίου.

Η έκθεση του μουσείου στεγάζεται σε οκτώ αίθουσες εκθέσεως και καλύπτει μια τεράστια ιστορική περίοδο από τη νεολιθική μέχρι τη ρωμαϊκή εποχή. Μουσεία συλλογή περιλαμβάνει κεραμικά, είδη από πέτρα, γλυπτά, ειδώλια, οικιακός εξοπλισμός σκεύη, διάφορα ταφικά αντικείμενα, χρυσά κοσμήματα, κοσμήματα από χαλκό και ελεφαντόδοντο, εκθέματα από σπάνιο παιδικής ταφής και πολλά άλλα.

Το πιο εντυπωσιακό αντικείμενο του μουσείου είναι το κρανίο ενός νεαρού άνδρα, που βρέθηκε σε ένα ρωμαϊκό νεκροταφείο στην περιοχή του Ποταμού από το κέντρο της πόλης. Το κρανίο χρονολογείται από τον 1ο αιώνα μ. χ. και στεφθεί με χρυσό διάδημα με τη μορφή των φύλλων ελιάς. Το στόμα του κρανίου ήταν ασημένιο νόμισμα από την πόλη Полиринья (δυτική Κρήτη), η απελευθέρωση του οποίου ήταν χρονικά με την βασιλεία του ρωμαίου αυτοκράτορα Τιβέριου. Νόμισμα, σύμφωνα με την αρχαία παράδοση, ήταν η κρίση στον μεταφορέα ντους Харону στον κάτω κόσμο του Άδη από τον ποταμό Styx.

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα αντικείμενα που εντοπίστηκαν κατά τις ανασκαφές της μινωικής από το νεκροταφείο της Αγίας Φωτιάς. Αυτό το προϊστορικό νεκροταφείο, στο οποίο βρέθηκαν 260 των μινωικών τάφων, είναι ο τόπος τους μεγαλύτερους αρχαιολογικούς χώρους της Κρήτης. Βρέθηκαν εδώ 1600 διάφορα αγγεία κατασκευασμένα χωρίς τη χρήση гончарного τον κύκλο και το στυλ παρόμοια με το κυκλαδίτικο τέχνη.

Παρουσίασε στο μουσείο και ευρήματα από το μινωικό οικισμό του Μύρτου, μεταξύ των οποίων η πιο σημαντική θεωρείται η "Θεά της Μύρτου" - αγγείο με τη μορφή της γυναικείας μορφής. Στο μουσείο επίσης εκτίθενται ευρήματα από το μινωικό ανάκτορο στα Μάλια, συμπεριλαμβανομένων πανέμορφο πέτρινο αγγείο σε σχήμα κοχυλιού Triton.

Το αρχαιολογικό μουσείο του Αγίου Νικολάου είναι ένα από τα πιο σημαντικά μουσεία του νησιού της Κρήτης.