Στην ιστορία της Ιαπωνίας υπήρχαν φορές, όταν οι ηγεμόνες благоприятствовали διάδοση του χριστιανισμού, και περιόδους, όταν привезенное εξαιτίας του ωκεανού θρησκεία ήταν υπό επιτήρηση, και οι οπαδοί του έχουν υποστεί βάναυσες διώξεις. Στο XV και XVI αιώνα ο χριστιανισμός γρήγορα εξάπλωση στα νησιά του αρχιπελάγους, αλλά στο τέλος του XVI αιώνα ήταν υπό απαγόρευση, και οι κάτοικοι της Ιαπωνίας φανερά η κρυφά. Οι κάτοικοι του Ναγκασάκι ήταν αναγκασμένοι κάθε χρόνο να αποδείξει ότι δεν είναι χριστιανοί. Για αυτό τους προτείνει να καταπατούν εικόνας του Ιησού Χριστού και της Μητέρας του Θεού, και αυτό το τελετουργικό έπρεπε να πραγματοποιηθεί μέχρι τα μέσα του ΧΙΧ αιώνα. Συνολικά ο χριστιανισμός είχε απαγορευτεί στην Ιαπωνία για δύο ολόκληρα με μισό αιώνα, κατά τη διάρκεια εκτελέστηκαν, μαρτύρησαν ή να σας αποσταλούν από τη χώρα χιλιάδες άνθρωποι, исповедовавших αυτή τη θρησκεία.

5 νοέμβριος, 1597 στο Ναγκασάκι ήταν εκτελέστηκαν δημοσίως για το ιεραποστολικό δραστηριότητα 26 άτομα, μεταξύ των οποίων ήταν 20 ιάπωνες, οι τέσσερις ισπανόφωνων, καθώς και ένας μεξικανός και ένας ινδός. Με εντολή правившего τότε shogun Хидэеси Тоетоми συλληφθέντων χριστιανών βασάνισαν και, στη συνέχεια, οδήγησε σε Ναγκασάκι και σταυρώθηκε στον σταυρό που είναι εγκατεστημένα στον λόφο Нисидзака. Μετά την εκτέλεση των νεκρών μαρτύρων άρχισαν να τιμάμε ως αγίους και να δεχτεί πίσω τους διάφορα θαυμαστά έργα. Μετά από εκατό χρόνια μετά τις αιτίες του 1962 στο λόφο έχουν ανοίξει το μνημείο και μουσείο. 6 φεβρουαρίου η Καθολική Εκκλησία στην Ιαπωνία σημειώνει την ημέρα της μνήμης τους.

Στη συλλογή του μουσείου περιέχει σημαντικά ιστορικά έγγραφα που έφερε από την Ευρώπη και καταρτίζονται στην ίδια την Ιαπωνία, έργα τέχνης περίοδο του πρώιμου χριστιανισμού στην Ιαπωνία. Έκθεση με χρονολογική σειρά παρουσιάζει στους επισκέπτες με την περίοδο του πρώιμου χριστιανισμού, τους χρόνους των διωγμών κατά των χριστιανών και της ζωής το μυστικό των καθολικών κατά την περίοδο της αυτο-απομόνωση του κράτους.

Σήμερα ο χριστιανισμός είναι το τρίτο από τα κύρια θρησκείες στην Ιαπωνία μετά του βουδισμού και σίντο. Στις αρχές του ΧΧΙ αιώνα, στη χώρα υπήρχαν περίπου 2, 5 εκατομμύρια χριστιανοί, κυρίως καθολικοί.