Στο Αιγαίο βρίσκεται μια μικρή ομάδα νησιά ηφαιστειακής προέλευσης σε σχήμα δακτυλίου, το οποίο ονομάζεται Σαντορίνη (Θήρα). Στην αρχαιότητα εδώ βρισκόταν ένα ενιαίο νησί στρογγυλό σχήμα, που ονομάζεται πιθανώς Стронгила, στη μέση του οποίου βρισκόταν ένα τεράστιο βουνό με ύψος 1, 5 χλμ. - ενεργό ηφαίστειο.

Περίπου 3500 χρόνια πριν, έγινε το πιο επικίνδυνο ηφαίστειο (μέχρι 7 πόντους), που θεωρείται το μεγαλύτερο σε όλη την ιστορία της γης. Κολοσσιαία έκρηξη που οδήγησαν στο γεγονός ότι μέσα στον κρατήρα του ηφαιστείου σχηματίζεται ένα τεράστιο κοίλο χώρο, τα τοιχώματα του οποίου обвалились κάτω από το βάρος της, και σχηματίζεται μια τεράστια καλντέρα (διάμετρος 14 χλμ., και το ύψος των τοίχων σε ορισμένα σημεία φθάνει τα 400 μέτρα). Caldera είχε πλημμυρίσει από τα νερά του Αιγαίου. Η επιφάνεια της γης, δεν ушедшая κάτω από το νερό, ήταν εντελώς καλυμμένο με ηφαιστειακή λάβα και στάχτη, που τα ίχνη του έχουν βρεθεί, επίσης στην Κρήτη, παράκτιες περιοχές της βόρειας Αφρικής και της Μικράς Ασίας. Δείχνουν ότι οι κάτοικοι είχαν φύγει από το νησί, δεδομένου ότι κατά την ανασκαφή κοντά στο Ακρωτήρι δεν βρέθηκε непогребенных ανθρώπινα υπολείμματα και τυχόν χρυσά και άλλα πολύτιμα αντικείμενα.

Ηφαιστειακή έκρηξη προκάλεσε επίσης και το πιο ισχυρό τσουνάμι ύψους έως 100 m, που έφτασε βόρεια ακτή του νησιού της Κρήτης, καθώς και κατέστρεψε πολλά χωριά του Αιγαίου στην πισίνα και των ακτών της Μεσογείου. Μετά από αυτό, ο μινωικός πολιτισμός ήρθε σε παρακμή, αν και, σύμφωνα με ορισμένες πηγές, για λίγο όμως υπήρχε.

Υπάρχει επίσης η υπόθεση, ότι δηλαδή η έκρηξη του ηφαιστείου Σαντορίνη και προκάλεσε το θάνατο της θρυλικής Ατλαντίδας. Αυθεντικές επιβεβαιώσεις αυτό σήμερα δεν υπάρχει.

Σήμερα το ηφαίστειο της Θήρας (Σαντορίνη) βρίσκεται σε μια ήσυχη, αλλά, ωστόσο, παραμένει η ισχύουσα. Τελευταία ένας ισχυρός σεισμός συγκλόνισε το νησί της Σαντορίνης το 1956.